1. Lãnh đạo Ban Quản lý các cảng cá
a) Lãnh đạo Ban gồm: Giám đốc và các 02 phó giám đốc. Số lượng phó giám đốc Ban Quản lý các cảng cá thực hiện theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền về số lượng cấp phó người đứng đầu các đơn vị sự nghiệp công lập.
b) Giám đốc Ban là người đứng đầu Ban Quản lý các cảng cá, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về toàn bộ các hoạt động của đơn vị.
c) Phó giám đốc Ban là người giúp Giám đốc chỉ đạo một số mặt công tác, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, một phó giám đốc được Giám đốc ủy nhiệm điều hành các hoạt động của Ban Quản lý các cảng cá.
d) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại Giám đốc, phó giám đốc của Ban Quản lý các cảng cá do Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quyết định theo các tiêu chuẩn chức danh do cơ quan có thẩm quyền quy định và theo quy định về phân công, phân cấp quản lý công chức, viên chức thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, nghỉ hưu đối với Giám đốc, phó giám đốc Ban Quản lý các cảng cá thực hiện theo quy định của Đảng, Nhà nước và các quy định về phân công, phân cấp quản lý cán bộ, công chức, viên chức của tỉnh.
2. Các phòng chức năng, nghiệp vụ
a) Văn phòng Ban.
b) Phòng Kế hoạch - Tài chính.
c) Phòng Quản lý hạ tầng kỹ thuật.
3. Các Ban điều hành
a) Ban điều hành cảng cá Phan Thiết.
b) Ban điều hành Khu tránh bão - cảng cá Phú Hải.
c) Ban điều hành Khu tránh bão - cảng cá Phan Rí Cửa.
d) Ban điều hành Khu tránh bão - cảng cá Liên Hương.
đ) Ban điều hành Khu tránh bão - cảng cá La Gi.
e) Ban điều hành Khu tránh bão Phú Quý.
Các Ban điều hành Khu tránh bão - cảng cá là đơn vị hạch toán phụ thuộc Ban Quản lý cảng cá tỉnh, được cấp con dấu để giao dịch và thực hiện nhiệm vụ quản lý cảng cá, khu tránh bão theo quy định của pháp luật.

Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý các cảng cá tỉnh Bình Thuận